1. perl读取文件内容到变量
一般是Perl脚本代码。是用Perl脚本写的编译和运行的文件，使用一个Perl解读器编辑；包含可变量的Perl程序代码，运行，职能，和评论；可能由于简短的Perl语言的语法和紧凑性导致难以阅读。
2. perl文件怎么打开
#!/usr/bin/perl-w#启用perl
usestrict;#启用严格的语法提示
open(in,"1.fastq")||die"openerror!\n";#打开数据源文件1.fastq，如果打开失败则终止并输出提示
open(out,">1.fasta")||die"openerror!\n";#打开输出文件1.fasta，如果打开失败则终止并输出提示
while(
printout">",$1,"\n"if(/^@(.*)/);#如果当前行内容以@开头，则将@换为>，后续内容不变
printout$_if(/^[atgc]/);#如果当前行内容以a或t或g或c开头，则输出改行内容
}#其他fastq行内容不输出到输出文件
close(in);#关闭数据源文件
close(out);#关闭输出文件
3. perl写入文件
json接口优点：
1. 数据格式比较简单, 易于读写, 格式都是压缩的, 占用带宽小。
2. 易于解析这种语言, 客户端javascript可以简单的通过eval()进行JSON数据的读取。
3. 支持多种语言, 包括ActionScript, C, C#, ColdFusion, Java, JavaScript, Perl, php, Python, Ruby等语言服务器端语言, 便于服务器端的解析。
4. 在PHP世界, 已经有PHP-JSON和JSON-PHP出现了, 便于PHP序列化后的程序直接调用. PHP服务器端的对象、数组等能够直接生JSON格式, 便于客户端的访问提取。
5. 因为JSON格式能够直接为服务器端代码使用, 大大简化了服务器端和客户端的代码开发量, 但是完成的任务不变, 且易于维护。
缺点:
1. 没有XML格式这么推广的深入人心和使用广泛, 没有XML那么通用性。
2. JSON格式目前在Web Service中推广还属于初级阶段PS: 据说Google的Ajax是使用 JSON+模板 做的。
4. perl 读取文件
read函数（fread）。read函数负责从文件句柄中读取指定数量的字节，并将这些字节放在标量型变量中。读者如果熟悉C的标准I/O函数fread的话，就会发现read函数也是以相同方式处理I/O缓冲的。为了提高效率，read函数并不是一次读取一个字节，而是读取一块数据并保存到临时存储区中。
然后，C的fread函数与Perl的read函数会从临时缓冲区将数据一次一个字节地传送给程序。（sysread函数可用于模拟C的底层I/O函数read。）该函数会返回读取的字节总数；或者在发生错误时，返回未定义的数字。如果碰到了EOF（文件结束符），则返回0...
5. perl 打开文件
在perl里面执行Linux命令，可以使用system命令system("source /路径/.cshrc");
6. perl 文件处理
1 命名规则
1.1 文件命名
文件名称统一用英文字母（大小写）、数字和下划线的组合，长度一般不超过20个字符，文件命名体现功能的含义，正式发布版本不能加入作者信息。Perl Scripts 文件的扩展名必须是".pl"，Perl Module文件的扩展名必须是".pm"。
正确：
lucent_file_parser.pl
不是：
lucent_file.p
1.2 标识符
采用语法模板来定义标识符的名字，命名必须有一定的实际意义，由英文字母组成，中间可以根据语义的连续性，使用下划线连接。
1.2.1 变量
局部变量必须由小写字母和下划线组成，常量名必须由大写字母和下划线组成。由多个单词组成的名字里，使用下划线"_"把多个单词分开。全局变量以’g_’开头，其余部分的命名规则和局部变量相同。每个全局变量必须有注释说明其作用。
正确：
my $next_node;
不是：
my $node;
1.2.2 包和类
包、类的命名采用大小写混合、首字母大写的方法。
正确：
IO::Controller
1.2.3 标识符缩写
标识符缩写时要保留单词的开始字母，不是辅音字母的简写。
正确：
use List::Util qw( max );
DESC:
for my $desc (@orig_strs) {
my $len = length($desc);
next DESC if ($len > $UPPER_LIM);
$max_len = max($max_len, $len);
}
不是：
use List::Util qw( max );
DSCN:
for my $dscn (@rgnl_strgs) {
my $lngh = length $dscn;
next DSCN if $lngh > $UPPR_LMT;
$mx_lngh = max($mx_lngh, $lngh);
}
1.2.4 函数
由小写字母、下划线组成。
正确：
sub max
{
……
}
sub get_msc_name
{
……
}
不是：
sub getMscName
{
……
}
1.3 布尔类型
boolean类型的变量，或返回boolean类型的值的函数，在命名时要反映其属性，必须用is或者has开头。
正确：
sub is_valid;
sub is_metadata_available_for;
sub has_end_tag;
my $has_loading_finished;
my $has_found_bad_record;
# and later...
if (is_valid($next_record) && !$has_loading_finished) {
METADATA:
while (is_metadata_available_for($next_record)) {
push @metadata, get_metadata_for($next_record);
last METADATA if (has_end_tag($next_record));
}
}
else {
$has_found_bad_record = 1;
}
1.4 数组和哈希
数组类型的变量采用复数，hash类型的变量采用单数。要用undef显式释放变量空间。
正确：
my %option;
my %title_of;
my %count_for;
my %is_available;
# and later...
if ($option{'count_all'} && $title_of{$next_book} =~ m/$target/xms) {
$count_for{$next_book}++;
$is_available{$next_book} = 1;
}
my @events;
my @handlers;
my @unknowns;
# and later...
for my $event (@events) {
push @unknowns, grep { ! $_->handle($event) } @handlers;
}
print map { $_->err_msg } @unknowns;
2 注释
所有注释可用英文或中文书写，尽量使用英文注释。保持注释和代码的完全一致，修改程序时，必须修改相应的注释。注释的行数一般应在程序总行数的1/5到1/3。禁止出现错别字。注释应该语义明确，避免出现二义性。
2.1 文件头部注释
每个含有源代码的文件必须在文件开始有关于该文件的介绍性注释。其中列出文件名、创建者、创建日期、功能描述、版本信息、版权声明；如果对文件进行了修改，应该在文件头中说明修改人、修改日期、修改原因，并变更文件的版本信息，最新版本信息放到最前面。
格式为：
#*********************************************************
# FileName: lucent_file_parser.pl
# Creator: Phonix <phonix@gmail.com.cn>
# Create Time: 2006-01-09
# Description: This is the proof-of-concept code for the
# Windows denial-of-serice attack described by
# the Razor team (NTBugtraq, 19-May-00).
# CopyRight: Copyright © Bright Ocean Inter-Telecomm，All rights reserved.
# Revision: V1.0.0
# ModifyList:
# Revision: V1.1.1
# Modifier: Phonix
# ModifyTime: 2006-01-17
# ModifyReason: fix the bug of ……
#
# Revision: V1.1.0
# Modifier: Phonix
# ModifyTime: 2006-01-16
# ModifyReason: add mysql&oracle db support
#*********************************************************
不是简单的:
#========================================
#Created By:Phonix
#Created Time: 2006-01-09
#Modified Time: 2006-01-17
#========================================
2.2 文件中注释
建议在文件中标识出修改部分的起止位置。
正确：
# add mysql&oracle db support begin
……
# add mysql&oracle db support end
2.3 函数注释
在每个函数前必须写描述性注释。说明这个函数的功能、参数和函数的返回值。
格式为：
#*******************************************************************
# Function Name: calc_time($datetime, $delta)
# Description: This function calculate the new datetime.
# Parameters:
# 1. $datetime is the base time, taking the format of 'yyyy-mm-dd hh:mm:ss'
# 2. $delta is the time which should be add to the $datetime. A positive value increase the time
# while the negative vale decrease the time
# Return:
# A new time string is returned, also taking the format of 'yyyy-mm-dd hh:mm:ss'
#*********************************************************************
不是简单的:
##########################################
#function name : get_ldap
#desc : get config info from ldap server
##########################################
2.4 程序块注释
程序块注释用于说明程序中的关键算法、使用某种技巧的代码以及修改、测试、阅读时必须加以注意的代码。
格式为：
#*********************************************************************
#注释内容
#......
#......
#********************************************************************
2.5 语句注释
用于对特定程序语句进行说明，建议采取在语句行末尾说明的方法，同时注释换行后也要对齐。格式为：
my @names = (
'Damian', # Primary key
# the key is
'Matthew', # Disambiguator
'Conway', # General class or category
);
3 代码布局
3.1 括号
建议括号、插入语可以采用两种方式之一，但是在一个程序里选定那种方式之后，那么要至始至终保持一致。
3.1.1 方式一
采用K&R风格。
格式为：
my @names = (
'Damian', # Primary key
'Matthew', # Disambiguator
'Conway', # General class or category
);
for my $name (@names) {
for my $word ( anagrams_of(lc $name) ) {
print "$word\n";
}
}
3.1.2 方式二
括号对{}对必须位于同一列，独占一行，并且和{}之外的语句行对齐
my @names =
(
'Damian', # Primary key
'Matthew', # Disambiguator
'Conway', # General class or category
);
for my $name (@names)
{
for my $word (anagrams_of(lc $name))
{
print "$word\n";
}
}
3.2 关键字
把关键字和其他的内容分开，关键字if, while, for,else…后面必须接一个空格。if和while语句必须使用’{‘和’}’括起语句体，即使只有一行代码。建议不使用单行的if语句。
正确：
for my $result (@results) {
print_sep( );
print $result;
}
while ($min < $max) {
my $try = ($max - $min) / 2;
if ($value[$try] < $target) {
$max = $try;
}
else {
$min = $try;
}
}
if ($condition){
$i++;
}
不是：
for(@results) {
print_sep( );
print;
}
while($min < $max) {
my $try = ($max - $min) / 2;
if($value[$try] < $target) {
$max = $try;
}
else{
$min = $try;
}
}
if($condition) {$i++;}
3.3 子程序和变量
不要把子程序或变量和其后的括号部分分开。
正确：
my @candidates = get_candidates($marker);
CANDIDATE:
for my $i (0..$#candidates) {
next CANDIDATE if open_region($i);
$candidates[$i]
= $incumbent{ $candidates[$i]{region} };
}
不是：
my @candidates = get_candidates ($marker);
CANDIDATE:
for my $i (0..$#candidates) {
next CANDIDATE if open_region ($i);
$candidates [$i]
= $incumbent {$candidates [$i] {region}};
}
3.4 代码缩排
缩进采用四个空格，或一个TAB（1 TAB 设置成四个空格）。
3.5 代码块
不要把两句话放在一行，每行只能写一个语句。
正确：
while (my $record = <$inventory_file>) {
chomp $record;
next RECORD if $record eq $EMPTY_STR;
my @fields = split $FIELD_SEPARATOR, $record;
update_sales(\@fields);
$count++;
}
不是：
while (my $record = <$inventory_file>) {
chomp $record; next RECORD if $record eq $EMPTY_STR;
my @fields = split $FIELD_SEPARATOR, $record; update_sales(\@fields);$count++;
}
3.6 代码长度
每个函数体的语句行不能超过100行（不包括注释，一个分号算一行）。每行长度不要超过78个字符，超过该长度时，必须考虑换行，从低优先级的操作符处分割长表达式, 在赋值符前断开长的语句。
正确：
push (@steps, $steps[-1]
+ $radial_velocity * $elapsed_time
+ $orbital_velocity * ($phase + $phase_shift)
- $DRAG_COEFF * $altitude);
$predicted_val = $average + $predicted_change * $fudge_factor;
不是：
push (@steps, $steps[-1] + $radial_velocity
* $elapsed_time + $orbital_velocity
* ($phase + $phase_shift) - $DRAG_COEFF
* $altitude);
$predicted_val = $average
+ $predicted_change * $fudge_factor;
3.7 操作符
二元运算符（算术运算符, 赋值运算符等）的两边都要接空格，低级操作符（如：+-）两边各有两个空格，高级操作符（如：*%）两边各有一个空格。
在运算符'->'两边不要使用空格，在一元操作符和操作数两边不要使用空格。
可以使用括号来表示运算的先后顺序。
正确：
my $displacement
= $initial_velocity * $time + 0.5 * $acceleration * $time**2;
my $price
= $coupon_paid * $exp_rate + ($face_val + $coupon_paid) * $exp_rate**2;
不是：
my $displacement=$initial_velocity*$time+0.5*$acceleration*$time**2;
my $price=$coupon_paid*$exp_rate+(($face_val+$coupon_val)*$exp_rate**2);
3.8 语句结束符
在每个语句后边要填加分号。
正确：
while (my $line = <>) {
chomp $line;
if ( $line =~ s{\A (\s*) -- (.*)}{$1#$2}xms ) {
push @comments, $2;
}
print $line;
}
3.9 代码排列
数组或Hash的赋值采用垂直排列。
正确：
my @months = qw(
January February March
April May June
July August September
October November December
);
my %expansion_of = (
q{it's} => q{it is},
q{we're} => q{we are},
q{didn't} => q{did not},
q{must've} => q{must have},
q{I'll} => q{I will},
);
不是：
my @months = qw(
January February March April May June July August September
October November December
);
my %expansion_of = (
q{it's} => q{it is}, q{we're} => q{we are}, q{didn't} => q{did not},
q{must've} => q{must have}, q{I'll} => q{I will},
);
3.10 非末端表达式
采用中间变量代替长表达式。
正确：
my $next_step = $steps[-1]
+ $radial_velocity * $elapsed_time
+ $orbital_velocity * ($phase + $phase_shift)
- $DRAG_COEFF * $altitude
;
add_step( \@steps, $next_step, $elapsed_time);
不是:
add_step( \@steps, $steps[-1]
+ $radial_velocity * $elapsed_time
+ $orbital_velocity * ($phase + $phase_shift)
- $DRAG_COEFF * $altitude
, $elapsed_time);
3.11 功能块顺序
在每个Perl Scripts中，每个功能块之间必须有一个空行。主程序为main()函数，功能块出现顺序如下：
use modules;
global variable 定义
main定义
sub routine 定义
4 数值和表达式
4.1 字符串界定符
需要用变量替换的字符串用双引号，否则用单引号。
正确：
my $spam_name = "$title $first_name $surname";
my $pay_rate = "$minimal for maximal work";
my $spam_name = 'Dr Lawrence Mwalle';
my $pay_rate = '$minimal for maximal work';
4.2 常量
使用字符常量，而不要直接用数值。
正确：
use Readonly;
Readonly my $MOLYBDENUM_ATOMIC_NUMBER => 42;
# and later...
print $count * $MOLYBDENUM_ATOMIC_NUMBER;
不是：
print $count * 42;
4.3 字符串
4.3.1 两行
对于两行的字符串，要用“.”进行连接。
正确：
$usage = "Usage: $0 <file> [-full]\n"
. "(Use -full option for full dump)\n";
不是：
$usage = "Usage: $0 <file> [-full]
(Use -full option for full dump)";
4.3.2 多于两行
对于多于两行，要采用如下格式：
正确：
$usage = <<"END_USAGE";
Usage: $0 <file> [-full] [-o] [-beans]
Options:
-full : produce a full dump
-o : dump in octal
-beans : source is Java
END_USAGE
不是:
$usage = "Usage: $0 <file> [-full] [-o] [-beans]\n"
. "Options:\n"
. " -full : produce a full dump\n"
. " -o : dump in octal\n"
. " -beans : source is Java\n"
;
4.4 哈希变量
Hash变量的定义采用双箭头(=>)方式。
正确：
%default_service_record = (
name=> '<unknown>',
rank=> 'Recruit',
serial=> undef,
unit=> ['Training platoon'],
duty=> ['Basic training'],
);
不是：
%default_service_record = (
'name', '<unknown>',
'rank', 'Recruit',
'serial', undef,
'unit', ['Training platoon'],
'duty', ['Basic training'],
);
5 函数
5.1 调用语法
调用时要使用圆括号，不管是否有参数。
正确：
fix();
coerce($input, $INTEGER, $ROUND_ZERO);
不是:
fix;
5.2 函数返回
在函数中要进行显式的return返回。
正确：
sub set_terseness {
my ($terseness) = @_;
my $default_terseness = $terseness;
return; # Explicitly return nothing meaningful
}
不是:
sub set_terseness {
my ($terseness) = @_;
my $default_terseness = $terseness;
}
6 编程惯例
6.1 使用use strict
所有Perl Scripts 文件中必须在开始使用“use strict;”，进行严格的语法检查，便于查找错误。
6.2 避免使用内部变量名称
避免使用Perl内部变量。使用“use English;”装入Perl内部变量的符号名称。使用my来限定变量的作用域。下面是一些Perl内部变量名称的对应关系。
$_ $ARG
@_ @ARG
$! $ERRNO
$? $CHILD_ERROR
$$ $PID
$0 $PROGRAM_NAME
$. $INPUT_LINE_NUMBER
$| $OUTPUT_AUTOFLUSH
$@ $EVEL_ERROR
$& $MATCH
$` $PREMATCH
$' $POSTMATCH
$+ $LAST_PAREN_MATCH
$/ $RS
$\ $ORS
$< $UID
$> $EUID
$( $GID
$) $EGID
$] $PERL_VERSION
$? $CHILD_ERROR
6.3 避免使用goto
避免使用goto语句（只有在从多重循环的内部跳出时才可以使用）。除非能够特别有效的增加程序的效率并且不影响程序良好结构的特殊情况。
6.4 语法检查（辅助工具）
使用-cw选项检查Perl程序的语法。
正确：
perl -cw -Mdiagnostics file.pl # check syntax with warnings on
nt; # Perl 5.004_04, define constants
use Env; # instead of $ENV{'HOME'}; Shortens the usage, but do not
# mix normal variables
# with environment variables.
6.5 use Carp; # For modules: 使用标准模块
尽量使用标准库函数、公共函数和开发库中已有的函数和模块，使用FileHandle模块来处理文件的读写。尽量使用以下的标准Perl模块：
use strict; # helps you to locate syntax errors or uncertainties.
use integer; # if you don't need floating point math，it will speed Perl up.
use constagives you `carp' and `croak'
use English; # gives symbolic names, like $! ==> $ERRNO
use Getopt::Long; # --posix command line option handling
use Cwd; # platform independent cwd()
use File::Basename; # don't invent your own wheel of this.
use File::Find; # don't use system("find . -name ...")...
use File::copy; # don't use system("cp this that");
use File::patch; # instead of system("mkdir");
use File::stat; # readable: $st = stat($file), $st->mode
use DirHandle; # OO form of `readdir'
use Text::Tabs # un/expand tabs in text
use Text::ParseWords; # Parse text into tokens, understands embedded
# quotes. @a = "ewords("[ +]", 0, $_);
# a+b, "a b" + c
use Socket; # socket handling
use Sys::Hostname; # don't invent your own wheel
use Net::Ping # unix ping, check if host is online
use Time::Local # time manipulations
6.6 其他
1、编码、测试、注释，是程序员的三项基本工作，它们是同等重要的。
2、可靠性第一，可读性第二，效率第三。只有在极个别必须强调效率的部分，可以是可靠性第一，效率第二，可读性第三。
3、首先是正确，其次是优美。
4、无法证明你的程序没有错误。因此，在新编写完一段程序后，应该测试通过后再继续编码。
5、改正一个错误的同时，可能会引起新的错误。因此，在修改bug前，首先考虑对其他程序的影响。修改后，应该对程序进行完整的测试，而不是只对修改部分进行测试。
6、避免使用很多个参数的函数。
7、函数应该只有一个出口。
8、循环应该只有一个出口，避免多个出口。
9、尽量避免使用全局变量。
10、在尽可能小的作用域内定义和使用变量。
11、使用括号，表达复杂表达式中的操作符的优先顺序。
12、循环、分支不要超过五个层次。
13、循环、分支等语句后，即使只有一行代码时，也要使用{}将其括起来。
14、禁止else goto和else return。
15、重复使用的、完成相对独立功能的算法、代码，应该抽象为公共模块。
7. per在excel
从左数第三位数开始取值：left(a1,len(a1)-2)从右数第三位数开始取值：right(a1,len(a1)-2)
常用函数：Excel函数一共有11类，分别是数据库函数、日期与时间函数、工程函数、财务函数、信息函数、逻辑函数、查询和引用函数、数学和三角函数、统计函数、文本函数以及用户自定义函数。1.工程工程工作表函数用于工程分析。这类函数中的大多数可分为三种类型：对复数进行处理的函数、在不同的数字系统（如十进制系统、十六进制系统、八进制系统和二进制系统）间进行数值转换的函数、在不同的度量系统中进行数值转换的函数。2.财务财务函数可以进行一般的财务计算，如确定贷款的支付额、投资的未来值或净现值，以及债券或息票的价值。财务函数中常见的参数：未来值 (fv)--在所有付款发生后的投资或贷款的价值。期间数 (nper)--投资的总支付期间数。付款 (pmt)--对于一项投资或贷款的定期支付数额。现值 (pv)--在投资期初的投资或贷款的价值。例如，贷款的现值为所借入的本金数额。利率 (rate)--投资或贷款的利率或贴现率。类型 (type)--付款期间内进行支付的间隔，如在月初或月末。3.信息可以使用信息工作表函数确定存储在单元格中的数据的类型。信息函数包含一组称为 IS 的工作表函数，在单元格满足条件时返回 TRUE。例如，如果单元格包含一个偶数值，ISEVEN 工作表函数返回 TRUE。如果需要确定某个单元格区域中是否存在空白单元格，可以使用 COUNTBLANK 工作表函数对单元格区域中的空白单元格进行计数，或者使用 ISBLANK 工作表函数确定区域中的某个单元格是否为空。4.数据库当需要分析数据清单中的数值是否符合特定条件时，可以使用数据库工作表函数。例如，在一个包含销售信息的数据清单中，可以计算出所有销售数值大于 1,000 且小于 2,500 的行或记录的总数。Microsoft Excel 共有 12 个工作表函数用于对存储在数据清单或数据库中的数据进行分析，这些函数的统一名称为 Dfunctions，也称为 D 函数，每个函数均有三个相同的参数：database、field 和 criteria。这些参数指向数据库函数所使用的工作表区域。其中参数 database 为工作表上包含数据清单的区域，参数 field 为需要汇总的列的标志，参数 criteria 为工作表上包含指定条件的区域。5.逻辑函数使用逻辑函数可以进行真假值判断，或者进行复合检验。例如，可以使用 IF 函数确定条件为真还是假，并由此返回不同的数值。6.统计函数统计工作表函数用于对数据区域进行统计分析。例如，统计工作表函数可以提供由一组给定值绘制出的直线的相关信息，如直线的斜率和 y 轴截距，或构成直线的实际点数值。7.文本函数通过文本函数，可以在公式中处理文字串。例如，可以改变大小写或确定文字串的长度。可以将日期插入文字串或连接在文字串上。下面的公式为一个示例，借以说明如何使用函数 TODAY 和函数 TEXT 来创建一条信息，该信息包含着当前日期并将日期以"dd-mm-yy"的格式表示。=TEXT(TODAY(),"dd-mm-yy")8.查询和引用当需要在数据清单或表格中查找特定数值，或者需要查找某一单元格的引用时，可以使用查询和引用工作表函数。例如，如果需要在表格中查找与第一列中的值相匹配的数值，可以使用 VLOOKUP 工作表函数。如果需要确定数据清单中数值的位置，可以使用 MATCH 工作表函数。9.数学和三角通过数学和三角函数，可以处理简单的计算，例如对数字取整、计算单元格区域中的数值总和或复杂计算。10.日期与时间通过日期与时间函数，可以在公式中分析和处理日期值和时间值。11.用户自定义如果要在公式或计算中使用特别复杂的计算，而工作表函数又无法满足需要，则需要创建用户自定义函数。这些函数，称为用户自定义函数，可以通过使用 Visual Basic for Applications 来创建。8. perl处理excel内容
用 perl 的 module 才可读写 MS excel 的 xls 格式, Spreadsheet::WriteExcel Spreadsheet::ParseExcelWin32::OLE OLE::Storage_Lite如用 shell 则必须改成文本格式(text file)
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